天然記念物を指定した県文化財保護条例違反とのこと。
しかし，ここのゲンジは「天然」のものではなく，他県の業者などから購入や譲渡によって移入し養殖されているものです。

詳しくは、kumageraのブログ
http://blogs.yahoo.co.jp/kumagera2009

または、ウィキペディア（Wikipedia）のゲンジボタルの項目を見てください。

「ここのホタル養殖は，文化財保護条例違反ではないか」と県に尋ねたとき，その答えは，「ここは生息地指定であり種指定ではないから違反ではない」でした。
つまり、ホタルそのものは天然記念物ではないのです。

ですから、移入養殖は「生息地指定だから，天然でなくても良い」とされ，そのホタルを取ると「天然記念物の保存に影響」とするのは，なんとも不合理です。しかも、この男性は、生息地を荒らしたとか汚した訳でもないのです。

ここには、町が地元産を増やしてきたと言い続けていることと関連ありそうです。
町役場のHP

http://www.town.tatsuno.nagano.jp/tatsunosypher/www/info/detail.jsp?id=1150

には、移入養殖の事実は載っていません。
警察にも問い合わせたところ、やはり、移入養殖の件は知らされなかったとのことです。

ホタル研究者は，辰野町役場に移入養殖ホタルの対策を取るように何度も要請しました。しかし，
（１）大量の移入養殖ゲンジが在来ゲンジに悪影響を与えていると指摘されても，数さえ増えればいいと知らん顔。
（２）生物多様性基本法に反するのではと言われても，罰則規定が無いからと無視。
（３）移入ゲンジの悪影響の調査結果を告げると，新聞などに一般公表しないでくれと言う。
その一方で，10万匹以上の養殖ホタルから91匹を取った人を，「天然記念物保存に反する」と警察へ連れて行く。自分たちの自然破壊行為とこの男性の行為、あまりに不公平な気がします。

kumagera様、
コメントありがとうございます☆
また、詳しいお話ありがとうございます。
なるほど、こちらの辰野町は移入養殖を行ってきたんですね。
昔から養殖の問題は色々な場所で様々な議論をされてはいるみたいですが、けっこう町おこしでホタルの養殖を行ったりしているところは多いですからね～。
この町だけでなく、全体の問題として養殖問題はしっかりと議論していかないといけないところですね。